聚合物基質液相色譜柱裝柱的操作要點：裝柱前柱底要墊一層脫脂棉以防吸附劑外漏。
聚合物基質液相色譜柱裝柱有干法裝柱和濕法裝柱兩種方法：
（1）干法裝柱：將硅膠通過漏斗裝入柱內，中間不應間斷，形成一細流慢慢加入管內。也可用橡皮槌輕輕敲打柱硅膠柱使硅膠裝填連續均勻、緊密。柱裝好后，打開下端活塞，然后倒入洗脫劑洗脫以排盡柱內空氣，并保持一定液面。
（2）濕法裝柱：將起初準備使用的洗脫劑裝入柱內，打開下端活塞，使洗脫劑緩慢流出。然后把硅膠慢慢連續不斷地倒入柱內（或將硅膠與適量洗脫劑調成混懸液慢慢加入柱內，），硅膠依靠重力和洗脫劑的帶動，在柱內自由沉降，此間要不斷把流出的洗脫劑加回柱內保持一定的液面，直至把硅膠加完并在柱內沉降不再變動為止。然后在硅膠上面加一小片濾紙或少許脫脂棉。根據加樣量控制洗脫劑液面至一定高度。
勻漿法：攪成勻漿。加入干硅膠體積一倍的溶劑用玻璃棒充分攪拌。如果洗脫劑是石油醚/乙酸乙酯/丙酮體系，就用石油醚拌；如果洗脫劑是氯仿/醇體系，就用氯仿拌。如果不能攪成勻漿，說明溶劑中含水量太大，尤其是乙酸乙酯/丙酮，如果不與水配伍走分配色譜的話，必須預先用無水硫酸鈉久置干燥。氯仿用無水氯化鈣干燥，以除去1%的醇。如果樣品對酸敏感，不能用氯仿體系過柱。
